古町神明宮は、伊勢神宮(内宮)のご祭神である天照大御神を主神として祀る神社で創立は不詳です。古来伊勢神宮では皇室・国家に関わる祈願のみが行われてきましたが、中世以降、御師の活躍により民衆との結びつきが深まり、各地で寄進された神領において天照大御神をお祀りする小祠が設けられました。これが古町神明宮の始まりといわれています。
古町神明宮は、天正19年(1591)4月28日、上杉家より米4斗7升2合、社地2000坪の寄進と共に、直江山城守兼続より真筆の「高天ヶ原」の額並びに黒印書を賜り、御師次太夫が古町神明宮の神職として任命されました。この黒印書により、明治に至るまでの間、諸役が永年免除されていたという由緒を持ちます。

一方、古町神明宮に合祀されている船江神社は、1700年以上の歴史がある古典にも名を残す神社です。起源は、祟神天皇10年6月(西暦240ころ)、この里がまだ貝操といわれていた頃ある日に遡ります。
浜にそれまで見たこともない形の一隻の船が流れ着きました。中には白髪の老人が座っていて、船を取り囲んだ村人たちに、「私は、猿田彦大神といいます。この里を守護するように遣わされました。これにより末永く産土神として鎮まりましょう。」とお告げになり、煙のごとく姿を隠されました。村人たちは、これに驚きながらも大変喜び、この船魂「猿田彦大神」をお祀りするため早速お社を建立しました。この時の船が新潟の起源とされ、地名も船得郷と改められました。後に「得」が「江」に転じて、この神社を船江大神と崇められるようになりました。
船江神社の御祭神には、建立時から、祟神天皇が地方征討のために派遣した四道将軍のお一人、「大彦命」もお祀りしています。大彦命は、『日本書記』や『古事記』にも名を残す神様で、『温故の栞』(天明4年1784年)は、船江大神を大彦命を祀る北陸道の人々の崇敬すべき神社と評しています。
また、船江神社は、『延喜式』神明帳(延長5年927年)に式内社としても記載されています。式内社とは官社のことで、神祇官から官幣をいただいていました。

この古町神明宮と船江神社は、天正年間(1573～1591)まで、ともに各々が境内を持つ独立した二つの神社でした。明暦年間(1655～1658)以降、同じ境内地内に、それぞれのお社が並列して建てられました。元禄年間(1688～1703)から船江大神宮と称されるようになり、文政6年(1823)2月、神祇伯白川家と並んで全国の社家を統括する吉田家より「船江神社」の社号を賜りました。その後、安政5年(1858)社殿を再築した際二つの神社が合祀され、「船江大神宮」の社号を賜りました。
明治元年には村社に列し、同5年3月、新潟総鎮守として全市民の氏子札を届けてあります新潟縣初代縣令正3位永山盛輝真筆の社名額が奉納され、また、昭和2年には、第25・28代内閣総理大臣若槻禮次郎より社名石柱が奉納されました。

このような長い歴史の中で、今も尚新潟で最も古い神社として尊崇されております。